Mina Rafaela corresponde a un yacimiento que posee ciertas características que lo asemejan a un estratoligado de cobre y plata.

Se encuentra ubicado en la franja metalogénica del Cretácico Inferior, junto a otros yacimientos conocidos de características similares como son La Torre, El Soldado, Lo Aguirre, etc.

Su emplazamiento es entre las formaciones Lo Prado y Veta Negra, justamente en el contacto.

Se caracteriza, como todos los yacimientos de este tipo, por alojar su mineralización en niveles estratificados de origen volcánico, infrayacentes a una capa superior estratificada de origen sedimentario. La mineralización más abundante del yacimiento corresponde a calcopirita, seguida en menor cantidad por bornita, covelina y escasamente calcosina hipógena. Sin embargo en superficie hay zonas con oxidados de cobre. La mineralización se ve distribuida en cercanías a vetas, las cuales corresponden a fallas normales previas, y en cercanías a diques andesíticos, que a modo de interpretación, se presentan como camino a los fluidos hidrotermales.

En cuanto a su mineralogía de alteración, se destaca la fuerte presencia de calcita rómbica presente en todos los sectores, tanto en relleno de vetas como en patinas, diseminada y rellenando espacios. También hay presencia de granates en rocas calcáreas, presencia de epidota, clorita, zeolitas y jaspe en rocas volcánicas y siliciclásticas, y presencia de especularita, pirita, calcopirita, bornita, covelina y calcosina hipógenas.